琼脂由琼脂糖(Agarose)和琼脂果(Agaropectin)两部分组成，作为胶凝剂的琼脂糖是不含硫酸酯(盐)的非离子型多糖，是形成凝胶的组分，其大分子链链节在1，3苷键交替地相连的β-D-吡喃半乳糖残基和3, 6-α-L-吡喃半乳糖残基。而琼脂果胶是非凝胶部分，是带有硫酸酯(盐)、葡萄糖醛酸和丙酮酸醛的复杂多糖，也是商业提取中力图去掉的部分。商品琼脂一般带有2%―7%的硫酸酯(盐)，0%―3%的丙酮酸醛及1%―3%的甲乙基。在工业上的琼脂色泽由白到微黄，具有胶质感，无气味或有轻微的特征性气味，琼脂不溶于冷水，易溶于沸水，缓溶于热水。

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