3、消化系统。咖啡中的酸质、油脂及咖啡因都可能刺激胃黏膜，并促进胃酸分泌，长期大量饮用含有咖啡因的饮品，会导致胃病。

4、呼吸系统。咖啡因及类似药物对于呼吸有两种影响，一是增加呼吸速率。此外，咖啡因可使气管周围的平滑肌放松，因而使气管扩张，增加呼吸量。但咖啡因不可以作为药物用于临床来治疗哮喘。

5、生殖系统。有研究指出，妇女怀孕期间喝咖啡，生下的婴儿出生体重较低。也有研究显示，服用咖啡因（相当于每天喝多于一杯咖啡）可能显著降低妇女受孕的机会。

6、眼睛。咖啡因会使眼部微血管收缩（变窄），使得进入眼睛细胞的营养物质减少，也会降低眼睛清除废物的速率。